Ewa Pajor poznała późniejsze koleżanki z Barcelony – Caroline Graham Hansen, Fridolinę Rolfö i Ingrid Engen – jeszcze w Wolfsburgu.

Pajor zadebiutowała w seniorskim zespole Medyka – prowadzonym przez Patalon – w wieku 15 lat i 133 dni, strzelając dwa gole i stając się najmłodszą piłkarką w historii polskiej ekstraligi. W barwach klubu zdobyła 64 bramki w 60 meczach ligowych, po czym w 2015 roku przeniosła się do niemieckiego giganta – VfL Wolfsburg.

Przejście do klubu regularnie występującego w Lidze Mistrzyń i grającego w fizycznie wymagającej lidze było ogromnym krokiem dla Pajor, która – jak sama przyznała w rozmowie z DAZN – była wówczas „bardzo szczupła i bez mięśni”. To właśnie w Niemczech, w 2017 roku, zdiagnozowano u niej stożek rogówki – postępującą chorobę oczu, która powoduje rozmazanie obrazu i problemy z ogniskowaniem wzroku.

Choroba zagrażała jej karierze, ale dwie operacje i specjalne soczewki kontaktowe pozwoliły jej kontynuować rozwój. Po umiarkowanym wkładzie w mistrzostwa Frauen-Bundesligi w sezonach 2016/17 i 2017/18, Pajor zdobyła 24 gole w 19 meczach sezonu 2018/19, pomagając Wolfsburgowi w zdobyciu trzeciego z rzędu tytułu.

W kolejnym sezonie dołożyła 17 goli w 16 spotkaniach, znów sięgając z klubem po mistrzostwo. Kolejne dwa sezony zakłóciły kontuzje. W sezonie 2022/23 zdobyła dziewięć bramek w Lidze Mistrzyń, prowadząc Wolfsburg do finału, w którym sama otworzyła wynik.

Po raz czwarty w karierze Pajor musiała jednak pogodzić się z porażką – Wolfsburg wypuścił prowadzenie 2:0 i przegrał 2:3 z Barceloną w Eindhoven. Po zdobyciu 136 bramek w 196 meczach dla Wolfsburga, latem ubiegłego roku Pajor – mająca wówczas 27 lat – przeniosła się do Barcelony za kwotę ponad 400 tysięcy euro (ok. 342 tysiące funtów).